28 Ekim 2017 tarihinde göreve başlayan Yılmaz'ın istifa kararının nedeni henüz bilinmiyor. Kısa süre içerisinde yaptığı çalışmalar ile bütün sağlık camiasının takdirini toplayan Prof. Dr. Mustafa Yılmaz'ın bu ani istifası kamuoyu tarafından üzüntüyle karşılandı.

 Yetkililerden yapılan açıklamada, 'Kararlı duruşu, cesaretli adımları sağlık müdürlüğü adına bir şanstı. Bu ani istifası sağlık camiası adına üzüntü verici' denildi.
Editör: TE Bilisim