Cumhuriyetin İlk yıllarında memleketimizin en önemli sorunlarından biri de kırsalın eğitimi meselesiydi. Zira %80’i köylerde yaşayan halkın birçoğu eğitimden mahrum haldeydi.

Bu duruma çözüm bulabilmek amacıyla birçok proje ortaya konulmuş fakat istenilen neticeler elde edilememiştir. Nihayet İsmail Hakkı Tonguç’un fikir babası olduğu Köy Enstitüleri’nin temeli 1936’da atılmış ve Köy Eğitmen Kursları açılmıştır.
Daha sonraları Köy Enstitüsü olacak bu yapılanma başarılı olmuş ve Eskişehir’de açılan kurstan mezun olanlar köylerde öğretmenlik yapmaya başlamışlardır.
Sayıları gittikçe artmaya başlayan bu kursların adı 1939’dan itibaren Köy Enstitüsü olarak değişmiş, 17 Nisan 1940’da çıkarılan kanunla Köy Enstitüleri’nin yasal altyapısı da kurulmuştur.
Söz konusu kanunla Beşikdüzü’nde de enstitü faaliyete geçmiştir. Aslında bir yıl önce yani 1939’da açılan “Eğitmen Kurs Merkezi” Köy Enstitüsü’ne geçiş için adeta bir basamak görevi görmüştür.
Beşikdüzü’nde inşa edilen enstitünün müdürlüğünü ise Denizli Milli Eğitim Müdürü olan Hürrem Arman yapmıştır. Hürrem Arman, Beşikdüzü’ne geldiğinde okul inşaatını ve diğer çalışmaları hızlandırmış ve nihayet Beşikdüzü Köy Enstitüsü Temmuz 1940’da 25 talebe ile derse başlamıştır.
Enstitülerde derslerin yarısı kültür ve genel bilgi dersleriydi. Derslerin % 25’i ziraat dersleri geri kalan %25’i ise teknik derslerdi. 
Enstitüye gelen öğrenciler, öncelikle doktor tarafından muayene edilir, hamama sokulur, saçları kısa bir şekilde kestirilir ardından kıyafetleri değiştirilerek öğrencileri enstitüye alıştırma görevini yürüten öğretmene teslim edilirdi. 
Bu görevi yürüten öğretmen yeni gelen öğrencilere enstitüyü, dershaneleri, atölye ve çalışma yerlerini gezdirip enstitü hakkında öğrencilere bilgiler verirdi. Öğrenciler boz renkli elbise giyerlerdi. 
 Beşikdüzü Köy Enstitüsü’nde tarım dersi ortak bir yapılırdı. Bunun dışında yer alan demircilik-marangozluk, dülgerlik, balıkçılık, dokumacılık, terzilik dersleri uygulamalı olarak verilir ve öğrenci daha çok hangi alanda başarı gösterirse o olanda sertifika alır ve diplomasına o alan yazılırdı. Kız öğrenciler biçki dikiş ve dokumacılık alanlarında çalışır ve o dalda aldıkları sertifikalar diplomalarına işlenirdi.
Enstitüde yapılan eğlenceleri zaman zaman Beşikdüzü halkı da izlerdi. Mesela 1944 yılında okulun ilk mezunları için hazırlanan “Tırtıllar” isimli piyes müzikli idi yine 1948 yılında “Tarih Diyor Ki” isimli müzikal eser, enstitü öğrencileri tarafından sahnelenmişti.
Okuldaki en zor görevlerden bir tanesi de “ekmek odası nöbetçiliği” idi. II Dünya Savaşı’nın beraberinde getirdiği kıtlık ve hükümetin şart koştuğu karne uygulaması, ekmeğin önemini daha da artırmıştı. Öyle ki bazı günlerde bir tam ekmeğin sadece 8 de 1’i bir öğrenciye düşebiliyordu. 
1950 yılından sonra çıkartılan bir genelge ile Köy Enstitüleri’nde okuyan kız ve erkek öğrencilerin ayrılmasına karar verilmiştir. Bu kapsamda Beşikdüzü’nde eğitim hayatını sürdüren kız öğrenciler İzmir Kızılçullu Köy Enstitüsü’ne gönderilmiştir. 
Okul, iki yıl kadar erkek okulu olarak eğitim- öğretim faaliyetlerine devam etmiştir. 1952-1953 öğretim yılında Kızılçullu Köy Enstitüsü’nün kapatılmasının ardından, kız öğrenciler yeniden Beşikdüzü Köy Enstitüsü’ne geri dönmüş,  erkek öğrenciler ise diğer köy enstitülerine dağıtılmıştır. Bu dönemden itibaren enstitünün adı Beşikdüzü Kız Köy Enstitüsü olarak değişmiştir.
1954 tarihinde kapatılan Beşikdüzü Köy Enstitüsü “Beşikdüzü Kız İlköğretmen Okulu” adını almıştır.